明代，中国沿海倭患逐步严重起来，明嘉靖时，倭寇特别猖獗。这一时期，也是兴化倭祸最惨烈的时期。倭患给兴化人民带来无穷的灾难。

  明初，朱元璋登上皇位后，重视海防，加强沿海防卫。在沿海地区建筑城堡，派重兵防守。如在兴化就设置两个卫，扩建兴化府城，增筑平海卫城、莆禧所城，派兵1万多人镇守，约占福建明军总兵力的六分之一。又设置迎仙、冲沁、嵌头、青山、吉了、小屿、枫亭巡检司，建巡检司城堡，还在沿海设立墩台 57座，又在南日山设立水寨。这些堡、寨、墩也都派兵防卫，互相支援。当时，这样严密的海防，曾使入侵的倭寇连吃苦头。明永乐八年，倭寇侵犯平海卫，遭到痛击，败走。以后，屡次侵犯都以失败告终。

  明中期以后，军备日渐松弛。在兴化，成化末年，朝廷将南日山水寨迁移到湄洲湾内吉了，还强迫南日、湄洲等岛上百姓迁入内地，从而放弃了兴化海上门户的守御。这些岛屿遂沦为荒地。这时，明初的兴化卫、平海卫的屯田亩数逐渐失额，已开垦的耕地逐渐抛荒。明军军费来源缩小，军备失修，战船、哨船“十不存一”。卫所兵额也减少了，如南日山水寨守军只剩下原来的 38%。同时，将弁世袭，养尊处优，不学习武艺，“刻削自半，恣睢自豪”“不识韬钤为何物”“告以一闻鼓鼙声，心必欲绝”！士兵无纪律，骚扰人民，缺乏战斗力，贪婪残暴的倭寇趁机勾结卖身投靠的兴化败类，以湄洲、南日等岛屿作为跳板，不断侵入兴化腹地，肆无忌惮劫掠官民财物，给人民带来深重的灾难。

  明嘉靖（1522—1566）年间，是倭祸特别严重的时期。福建沿海地区人民，深受其害，兴化人民受倭害尤其严重。嘉靖三十二年二月，倭寇侵占南日水寨，“登岸流劫”。嘉靖三十四年十一月，倭寇200多人，从白湖登陆。倭寇登岸后，烧毁船只，一路烧杀抢掠，经镇海、镇东等地时，千户戴洪、高怀德、张銮率兵与战，三人俱战死。倭寇由涵江、江口进入福清，突入海口，当时，海口“民物繁阜，甲于一邑”，倭寇侵入后，“杀掠无算，室庐荡尽，自冬迄春乃息”。莆田损失惨重自不待说。

  嘉靖三十七年四月，倭寇10000多人，第二次进攻省城福州。同时，倭寇分兵南下，攻占福清县城，“玉融的百年蓄积，被搜刮无遗”。接着，倭寇向南窜入莆田。入侵的倭寇将涵江、镇前、洋尾“焚掠一空”。这些地方遭到空前浩劫。

  当时官府腐败无能，任意搜刮民脂民膏，挥霍浪费，侵盗军需， “竭库藏”，明军缺乏战斗力，只好向倭寇行贿乞和。倭寇肆无忌惮，更加猖獗了。

  嘉靖三十八年以后，江苏、浙江一带倭患逐渐平定。倭寇大批涌入福建，福建倭患更为严重。“福建新倭大至”，“新倭遍福兴漳泉，无地非倭矣”。倭寇以宁德横屿、福清牛田、莆田林墩为基地，出焚掠。“兵灾引起瘟疫”，人们“病死无数”。“兵火之余，到处有腐尸枯骨。”

  嘉靖四十年，从夏天到冬天，倭寇侵犯兴化府三次。“所占村镇屠戮殆尽”。当地农村生产力遭到严重破坏。

  明朝御史、兴化人林润在给皇帝的报告中反映了当时兴化人民受到侵害情况：“兴化所属二县，编户共二百二十有余里。今遭倭患之际，历八年于兹，死于锋镝者十之二三，被其掳掠者十之四五，流离徒于他郡者，又不计数。迩又疫病大作，城中又甚，一坊数十家，而丧者五六，一家数十人，而丧者七八，甚至尽绝者，哭声连门，死尸塞路。故孤城之外，千里为墟，田野长草叶，市镇生荆棘。”

  从林润的报告中可以看到，在倭寇的魔爪下，兴化惨状、触目惊心。

  面对倭寇的严重威胁，福建一些有识之士纷纷起来呼吁、组织抗倭队伍，开展抗倭斗争。他们依靠民众修建城堡，支持人民的自卫武装也动员起来。广大人民群众，对倭寇恨之入骨，纷纷起来，为保卫家乡而战斗。在兴化，莆禧人民奋起抗倭取得胜利。莆禧所城，位于湄洲湾、平海湾之间，莆田县莆禧半岛突出部，与湄洲岛对峙、形势险要。《闽书·扦圉志》说，“其人习海，勇敢而和协，闻贼则奋号先登，城以不陷”。莆禧人民英勇作战，保卫了莆禧城。荔浦百姓、南郊船民、华亭猎户等也自发组织起来，进行抗倭斗争，作出重大牺牲。戚家军来兴化后，兴化人民又积极支援戚家军痛歼倭寇。

  戚继光，字元敬，号南塘，嘉靖七年（1528）生于山东省牟平县一个将门家庭。他喜爱读书，读经史，读兵书，17岁世袭登州卫指挥佥事。嘉靖三十四年(1555)，由署山东都指挥佥事，调到浙江抗倭。第二年，他以战功升任宁绍合参将。为了取得抗倭胜利，戚继光针对明军腐败缺乏战斗力的弊端，提出训练民兵的建议。他决心训练一支英勇善战、严守军纪的劲旅。他的意见得到上级同意后，立即到义乌招兵，很快就组建一支以农民、矿工为主的4000 多人的军队。

  经过一段时间训练，这支新军开赴战场。戚继光处处以身作则，同战士同甘共苦，视兵如子。他廉洁奉公，教育战士要爱护人民。他赏罚分明，军纪严明，令行禁止。他的军队所到之地秋毫无犯。他又注重韬略，“论兵习武”，指挥作战，机动灵活，屡战屡胜、攻无不克。人们称他的军队为勇敢善战的“铁军”。

  嘉靖三十九年(1560)，戚继光任台州、金华、严州参将。第二年，率兵全歼侵犯花街和上峰岭的倭寇。戚家军名闻四方。戚继光在浙江先后率兵与倭寇激战9次，都取得胜利。他率军平定浙江倭患后，就多方搜集福建的倭寇活动情报，了解闽中山川形势。

  嘉靖四十一年，福建倭患严重，福建明军不支，形势危急。戚继光奉命率领 6000 健儿援闽。他率领将士日夜兼程进入福建。在当地人民支援下，戚家军连战连胜，取得宁德横屿、福清牛田大捷，分别歼敌2700人和1000多人。接着，戚家军乘胜前进，进入兴化抗倭。

  黄石镇林墩为倭寇在福建省的三大巢穴之一。该村庄位于莆城东部，离莆城约20里。北临木兰溪，四面环水，河沟纵横交错，地形险要。村内驻有倭寇 4000多人，列栅踞守，又派汉奸四出探听情报。戚继光率军取得牛田大捷后，于九月十二日离开福清，出敌不意，在峰头、江口打了两仗，歼敌一批。

  戚家军紧急行军到江口后，戚继光召开军事会议，决定组织林墩战役，围歼林墩的倭寇，并作了部署。他分兵两路，一部由把总张谏等率领，于十三日夜五更偃旗息鼓，进驻宁海桥，埋伏于桥北，准备一听到鼓声就从东北面进攻林墩。戚继光亲率主力于十三日出发，经囊山寺前大路进到兴化府城，黄昏时到达。

  当晚，戚继光出席知府举行的欢迎宴会。戚继光为了迷惑敌人，开怀畅饮，谈笑风生，却闭口不谈军事。宴罢归队已是半夜。夜半，戚继光按照计划，让将士吃饱饭，立即秘密集合于东市。戚继光进行战斗动员后，即率兵趁着月光出东门，经阳城、清浦到西洪。等到月亮落山后，继续前进五里，东方破晓时到达林墩。倭寇发现戚家军从天而降，惊恐万状，仓皇应战，忙占据一座石桥顽抗。戚家军由于路径狭窄，部队无法展开，只好鱼贯而进，与倭寇交战。

  血战两个多小时，冲击三次伤亡多人都未攻过桥。戚继光当机立断，巩固后军，继续组织冲锋。在戚继光指挥下，将士们奋勇杀敌，杀声、鼓声惊天动地。战士们游水过渠，与敌人血战。在驻宁海桥戚家军1000多人的配合下，攻进村庄。倭寇在戚家军两面夹击下，败退入巢。戚家军再接再厉，冲破敌巢，倭寇鬼哭狼嚎，尸横遍地，落水淹死的就有1000多人。继而，戚家军又穷追南逃到瑶台村的残倭，火攻逃入窑洞的倭寇，“尽数歼灭”。这一仗，戚家军斩敌 2000 多人，救出被掳的百姓 2100多人。这是继横屿、牛田大捷以后，福建抗倭的又一次大胜利。

  林墩大捷的喜讯传出，莆田人民奔走相告，欢庆胜利。中午，戚继光率领军队凯旋回兴化府城，从熙宁桥到城内，到处彩旗纷呈，官绅百姓扶老携幼夹道欢迎戚家军，慰劳戚家军。

  嘉靖四十一年十月，戚继光率领戚家军从兴化班师回浙江。兴化人民依依不舍，含泪送别戚家军。